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2004～2006年，对四川烤烟主产区采集的296个病毒标样进行了ELISA检测，结果表明，大多数烟区的病毒种类以普通花叶病毒（TMV）为主，检出率为67．5％，其次是烟草蚀纹病毒（TEV），检出率为36．5％。此外，黄瓜花叶病毒（CMV）和马铃薯Y病毒（PVY）的检出率分别为25．7％和9．5％。病毒的复合侵染现象较为普遍。在大凉山的安宁河流域，烤烟上的病毒种类则以蚜虫传播的TEV、CMV和PVY为主。抗病性鉴定结果表明，K326、中烟90及NC82较为抵抗上述几种病毒病。