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南方医科大学深圳医院2015年12月28日开业,是深圳市“三名工程”的首个落地“名院”项目,按照“管办分离”的模式委托南方医科大学,实行“去行政化、去编制化”管理。医院高度重视国家三级公立医院绩效考核工作,在2018年度及2019年度国家监测指标结果发布后,积极组织相关部门认真研究指标失分原因和采取相应改进措施。