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叶绿体是所有绿色植物和藻类微生物特有的细胞器结构,其基因组信息被广泛运用于比较基因组学和植物系统发育研究。本文对叶绿体基因组的结构特征,包括编码区基因如rbcL、makt、rps4和Ndhhf等叶绿体基因,非编码区中的间隔序列trnF-L、rps4-trns和psbA-trnH等以及内含子rpl16、rps16等在内的叶绿体基因组应用于植物系统发育方面研究概况与进展进行了概述,探讨了叶绿体各种DNA分析技术的原理、方法、应用及其优缺点,并展望了叶绿体基因组分析在植物系统发育中的应用前景。