【摘 要】
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目的寻找与肠正常黏膜(NOR)到结直肠腺瘤(CRA)再到结直肠癌(CRC)的进展密切相关的基因。方法利用数据集GSE37364(包括38例NOR，29例CRA及27例CRC)构建加权基因共表达网络分析(WGCNA)，选择软阈值为10确保基因无尺度网络分布，构建关系矩阵转换为邻接矩阵，进一步构建拓扑重叠矩阵鉴定与疾病进展相关的基因模块并寻找其枢纽(Hub)基因。对Hub基因在数据集GSE20916中进行单因素方差分析及组间t检验，数据集GSE14333中进行t检验，以确认Hub基因与疾病进展的相关性。结果筛
【机 构】
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华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院消化内科 430014武汉大学中南医院胃肠外科 武汉市腹膜癌临床医学研究中心 湖北省肿瘤医学临床研究中心 肿瘤生物学行为湖北省重点实验室 430071武汉大学中南
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目的寻找与肠正常黏膜(NOR)到结直肠腺瘤(CRA)再到结直肠癌(CRC)的进展密切相关的基因。
方法利用数据集GSE37364(包括38例NOR，29例CRA及27例CRC)构建加权基因共表达网络分析(WGCNA)，选择软阈值为10确保基因无尺度网络分布，构建关系矩阵转换为邻接矩阵，进一步构建拓扑重叠矩阵鉴定与疾病进展相关的基因模块并寻找其枢纽(Hub)基因。对Hub基因在数据集GSE20916中进行单因素方差分析及组间t检验，数据集GSE14333中进行t检验，以确认Hub基因与疾病进展的相关性。
结果筛选出1 858个差异表达基因进行分析，确定一个重要的基因模块(黄色模块)和该模块中的4个Hub基因：抑制素βA(INHBA)、趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体1(CXCL1)、CCAAT增强子结合蛋白(CEBPB)，进一步线性回归分析发现INHBA与疾病进展高度相关(R2＝0.793)。基因富集分析表明，该模块中的INHBA主要参与细胞增殖的调控。在GSE20916数据集中进行分析，INHBA在NOR、CRA、CRC中表达分别为2.732±0.1441、2.81±0.1347、2.946±0.1603，INHBA表达与NOR至CRA再至CRC的进展密切相关(F＝16.99，P
其他文献
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