三清山花岗岩体形成于燕山晚期，岩体侵位定位后又经历了大约50Ma的侵蚀和剥蚀，将上覆5000m的地层搬到南北两侧的断陷盆地中，形成白垩纪红色砂岩和砂砾岩地层，花岗岩体便出露地表。又经过大约50～60Ma的构造演化和地貌演变形成了目前海拔1000～1800m的玉京峰期壮年地面和1200～1300m的怀玉山期壮年地面。至距今2.4Ma以前的上新世，在这两期古地面上曾先后发育了红色风化壳。红色风化壳的底部形成了众多的石蛋。进入更新世，随着地壳的强列抬升和气候变冷，冰冻风化、块体运动和流水侵蚀，古地面上的沟谷迅速向下侵蚀，古地面受到切割、破坏，风化壳也被侵蚀掉，形成深切峡谷、悬崖峭壁和柱、峰林立的景观,在柱、峰顶部残存着一些花岗岩石蛋。这种海拔超过1500m，相对高差超过1000m的高山地貌巍为壮观，石柱、尖峰显得十分秀丽，这就是三清山式地貌——高山尖峰地貌的特色，是提供旅人欣赏的主要花岗岩景观地貌，也是需要人们切实保护的重要地质遗迹。