中国境内地形地势错综复杂,使得中国境内物种的演化也变得非常复杂,尽管国内外学者对这一区域做了大量的动植物的谱系地理学研究,但未能得出一个清晰、普遍的谱系地理格局。本综述通过整理近十年来在国际杂志上发表的相关文献,探讨了气候动荡、地质变化、岛屿形成和人类活动等因素对中国境内植物谱系地理格局形成的作用,发现在第四纪,"扩张-收缩"模型并不完全适用于中国南部植物的种群动态;山脉的隆起造成的栖息地的片段化、排水系统的改变,反复的冰期循环协同或独自驱动着西南山区植物的隔离与分化;气候动荡和/或沙漠扩张导致了西北地区植物的分化和物种形成;杂交引起了同域分布近缘种的分化;岛屿因与大陆分分合合,导致其时而为植物散播的隔离屏障,时而为迁徙廊道;受花粉和种子散播能力的限制,人类活动对植物种群分化的影响程度不定。在此基础上,结合现有研究的重点及不足,对未来研究提出了展望,即重视传统分类的研究;加强合作,标本共享;增加对广布种和植物微生物的研究;关注新兴测序技术和生物地理模型的应用。