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自主控制系统对于自主式水下机器人（简称AUV）使命执行的安全性和有效性至关重要。本文在QNX环境下利用多线程技术实现了一种AUV自主控制系统。文中介绍了AUV的混杂系统结构和自主控制原理，给出了自主控制系统的多线程结构。设计了多线程同步模块，并与QNX消息传递机制相结合实现了AUV自主控制系统线程间的同步与通信。最后在半实物仿真平台上对自主控制系统软件进行了验证。