建设由国防科技创新体系引领的国家高质量创新体系,需要创新资本运作体系,引导带动不同层次的高质量创新.设立国防科技基金是创新资本运作体系的重要抓手.国防科技基金的设立依据包括:应用基础研究的缺失割断了科研创新链条的问题在当前的科研资助框架下难以解决;单一的国防科技金融资源配置方式和封闭的军工研发体系导致国家财政之外的金融力量缺乏与国防科研生产体系对接的接口;现存各类基金只关注军方界面、军民融合界面和市场界面这三个界面中某个单一界面的科研创新环节.基于上述依据,国防科技基金的设计目标是建立贯穿高质量创新全过程的全链条资本体系.为了实现这个目标,国防科技基金发起机构首先需要建立国防科技创新信息交互平台,帮助衔接军政产学研各相关主体,然后注重在“投资和管理”流程上进行突破创新,而非按照市场主流的“募投管退”流程来运行国防科技基金.