公共卫生信息化指的是医院信息化以外的其他卫生信息化领域的建设，包括卫生行政、疾病预防控制、卫生监督、妇幼保健、血液管理和社区卫生服务等垂直业务系统的信息化建设，如办公自动化、网上行政审批、疫情上报和卫生监督执法信息管理系统等。国家和政府从2003年下半年非典疫情以后开始启动公共卫生信息系统建设，包括突发疫情监测系统、公共卫生监督管理系统、突发公共卫生事件医疗救助系统、突发公共卫生指挥调度系统四大系统，计划三年完成。卫生部出台的《国家公共卫生信息系统建设方案》明确提出：我国将逐步建立构建覆盖各级卫生行政部门、疾病预防控制中心、卫生监督中心等的高效、快速、通畅的信息网络系统，触角将延伸到城市社区和农村卫生室，并建立中央、省、市三级突发公共卫生事件预警和应急指挥系统平台。此项举措显示出今后几年，中央和地方将加强对公共卫生信息体系建设的资金和其他投入，由此也将带动整个公共卫生信息化的市场需求，刺激IT厂商对公共卫生信息化的投入。
　　《国家公共卫生信息系统建设方案》还指出，我国的公共卫生信息系统存在如下五大问题：疫情报告、疾病监测时效性差 ；卫生信息网络覆盖面小；医疗救治信息及指挥不灵；卫生执法监督信息系统建设滞后；缺乏统一的公共卫生信息平台，信息整合能力差等。
　　除了2003年开始进行的突发疫情监测系统，从2004年起，公共卫生监督管理系统、突发公共卫生事件医疗救助系统、突发公共卫生指挥调度系统也已经开始分阶段逐步进行实施。