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健康水平的提高对于农民贫困的缓解具有重要的作用，健康水平的提高取决于健康投资状况发挥的经济效益。作为健康投资重要手段的新型农村合作医疗制度的有效运行，有助于新疆全体农牧民健康的实现。由于经济发展水平、医疗卫生机构服务和民族结构等方面因素使得新疆南北疆在参合率、资金筹集来源与使用、补偿水平等方面存在较大差异，影响了新型农村合作医疗制度运行的有效性。该文认为完善新疆新型农村合作医疗制度需要促进农民增收、拓宽筹资渠道、补偿调整和加强南疆双语医务人员的培养。