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在所有基因疗法中，不论是把病人先天缺失的基因导入体内以纠正病人的缺陷，或把侵入体内的病毒用“相反”的基因（反意DNA）消除，或者用能干扰病毒复制的变异株基因片断导入以抑制病毒复制（优势负性变异株法，dominant negative mutants）等都面临着三个亟待解决的问题：（1）运载基因的载体系统效率如何？（2）基因表达持续时间如何？（3）宿主对外来基因的免疫反应后果如何等。除此之外，程序复杂，经济成本高，难在亟需疫苗的发展中国家推行。而DNA疫苗在这些方面有很大优越性。