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在所有基因疗法中,不论是把病人先天缺失的基因导入体内以纠正病人的缺陷,或把侵入体内的病毒用“相反”的基因(反意DNA)消除,或者用能干扰病毒复制的变异株基因片断导入以抑制病毒复制(优势负性变异株法,dominant negative mutants)等都面临着三个亟待解决的问题:(1)运载基因的载体系统效率如何?(2)基因表达持续时间如何?(3)宿主对外来基因的免疫反应后果如何等。除此之外,程序复杂,经济成本高,难在亟需疫苗的发展中国家推行。而DNA疫苗在这些方面有很大优越性。