【目的】探究微生物菌肥对减少苹果花脸病发生,提高产量和果实品质的作用。【方法】以5年生烟富3/M26/平邑甜茶苹果为试材,采用¹⁵N同位素示踪技术,于2015²016年进行了2年田间试验。设3个处理:花脸病树施化肥（CK）、健康树施化肥（T1）、花脸病树施化肥+微生物菌肥（T2）。分别于2015年10月12日和2016年10月15日,每个处理随机采集100个果实,统计花脸病病情指数,并于2016年10月15日对整树进行破坏性取样,测定¹⁵N吸收利用情况。【结果】施化肥+微生物菌肥花脸病苹果树（T2）根系生物量及新梢长度显著高于施化肥花脸病树（CK）和健康树施化肥（T1）处理;施加微生物菌肥,花脸病苹果植株粗根干重、细根干重以及新梢长度比未施加的CK处理分别提高了39.4%、157.0%和42.0%。无论是否施加微生物肥,花脸病苹果植株各器官的Ndff值均显著低于健康苹果树。与CK处理相比,T2处理的果实、新梢、叶片、细根、粗根、多年生枝和中心干的Ndff值分别提高了93.4%、75.6%、63.7%、96.1%、80.2%、103.4%和95.0%;T2处理的¹⁵N利用率最高,为14.4%,显著高于T1处理（10.4%）和CK处理（6.7%）;T2处理的叶片、果实和新梢的¹⁵N分配率显著高于CK和T1处理。第一年施用微生物菌肥（T2）对花脸病的防控效果仅为7.1%,第二年显著提高至20.9%,此时T2处理的果实的产量（6.3 kg/株）、单果质量（208.2 g）、可溶性糖（14.3%）、可滴定酸（0.5%）及糖酸比（27.6）均显著高于CK,但仍低于T1处理。【结论】施用微生物菌肥显著促进了花脸病苹果植株根系的生长,增强了根系对氮的吸收和向地上部的运输,从而提高了植株对氮肥的吸收利用,一定程度上减轻了花脸病对产量和品质的影响。