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小水井金矿床形成,经历金元素初始富集形成矿源层、成岩期后剪切-逆冲推覆构造活动中的构造-热液作用富集成矿、中酸性岩浆沿剪切构造带及裂隙系统侵入活动形成含矿热液叠加富集成矿、表生氧化-淋滤再富集成矿等四个成矿期。将构造-热液期进一步划分为四个成矿阶段:石英阶段、黄铁矿-石英阶段、多金属硫化物阶段、石英-萤石-重晶石-碳酸盐化阶段。