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协调发展海洋经济，必须了解海洋经济区域差异现状，厘清差异化形成因素及相应改善措施。根据1996—2011年沿海11个省的相关数据，采用泰尔指数及面板模型发现，海洋经济发展的区域差异符合威廉姆逊的倒“U”形理论，且区域差异主要体现在行政区间上；全社会固定资产投资、保险发展水平和科技水平是海洋经济区域差异化的主要因素，并对长江三角洲区域的促进作用大于环渤海和泛珠三角区域。最后，就协调发展海洋经济提出了简要的政策建议。