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以新疆自1978年以来审定命名的42个早熟棉品种为材料，利用SSR分子标记对新疆早熟棉品种进行研究。从2300对SSR引物中筛选出了52对具有稳定多态性的引物，每对引物可检测到3～24个多态性片段．共检测到506个，平均9．7个，片段大小介于100-2000bp之间。对所得到的52个SSR指纹图谱进行组合和综合分析，用其中2对就可将所有供试品种区分开来。同时，分别对42个早熟棉品种进行指纹分析，获得各个品种的特异性指纹，可为今后棉花种子真伪快速鉴别奠定基础。