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基于层次分析法和模糊综合评价法,构建农业科技财政专项资金绩效评价的指标体系及模型,并以江苏省农业科技自主创新资金为例进行实证研究。结果表明:2008—2010年,江苏省农业科技自主创新资金的综合绩效水平呈现"U"形趋势。综合绩效的主要构成中,管理效率较高,科研产出水平与综合绩效同为"U"形,社会经济效益较为稳定。综合绩效评价模型的应用可以为揭示农业科技专项运行中的问题、优化管理水平提供依据。