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加强自然资源核算理论研究与实践工作是完善自然资源治理体系和提升治理能力的基础.基于WSR“物理、事理、人理”方法论,对自然资源核算理论和文献开展研究,探索构建我国的自然资源核算体系.研究结果表明:WSR系统方法论适宜于自然资源核算分析;基于WSR系统分析,自然资源核算体系结构包括宏观的以服务于宏观经济规划和经济决策为目的的自然资源国民经济核算,中观的以服务于政府资产管理为目的的自然资源资产管理核算,微观的以服务于企业自然资源资产经营和市场要素配置为目的的企业经营性自然资源会计核算;基于WSR方法构建的自然资源核算体系有助于明晰各层次核算目的、核算框架、实现途径、核算方法上的选择.