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拟建福清兴化湾水鸟自然保护区以黑脸琵鹭、黑嘴鸥等珍稀濒危野生动物和滨海湿地生态系统为主要保护对象。基于福建省野生动植物与湿地资源监测中心近年来对拟建福清兴化湾自然保护区区域综合本底调查结果,从珍稀濒危物种、水鸟迁徙网络、自然生境、丰富物种、达到国家重要湿地标准、科研宣教价值等方面对自然保护区的保护价值进行评价,为建立福清兴化湾水鸟自然保护区提供重要依据。