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以6个银杏种质为试材，通过对影响4FLP技术的多种因素进行研究，建立了一套适合银杏的AFLP技术优化体系。优化的关键因素为：①模板DNA的质量：经多次抽提纯化，将DNA沉淀挑出，而不采用离心方法。获得高纯度的DNA；②酶切时DNA模板为300ng，反应时间为6h；③连接最适反应时间为10h；④预扩模板即连接产物最佳用量为1μl；⑤预扩增产物最适稀释倍数为70倍。