北斗卫星导航系统作为复杂巨系统，需要科学完整高效的时频体系总体设计与工程实现。北斗三号系统的时频体系设计，首先通过基于星间链路实现星载钟之间的比对与时间同步，基于星地时间比对链路实现主控站与卫星间的星地时间比对与精密同步，基于卫星双向、地面有线双向时间比对链路实现主控站各分系统之间的比对与精密同步等方法实现北斗系统内部的时间同步，同时基于组合钟组和综合原子时等方法生成北斗系统时间（BeiDou system time，BDT），从而实现北斗系统内的时间建立、保持与同步。然后，通过直接或间接的溯源比对，以及时差监测，实现BDT与其它导航系统时间基准的统一。北斗三号卫星信号的长期监测数据表明，BDT天稳定度达到4.6×10-15，星载钟本地时间准确度达到1.25×10-11，星载钟万秒稳定度达到1.65×10-14，同时BDT相对于其他卫星导航系统的时差保持在50ns以内。经系统运行检验与监测评估，证明北斗三号系统时频体系功能完备、组织架构科学、体系指标先进，能够全面支撑北斗三号的全球服务能力。