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新形势下高等农林院校肩负着培养卓越农林人才的重要使命。作为高等农林院校本科教育的重要环节之一，提高毕业论文质量是提高人才培养质量的关键。本文基于当前高等农林院校农学专业本科生毕业论文质量不高的现状，指出了存在的问题，并分析了原因，最后从提高学生主观能动性、加强指导教师对队伍建设和健全考核评价体系三个方面提出了相应的解决措施，以期为新农科背景下卓越农林人才的培养提供参考。