以白菜为试材，采用宏基因测序的方法，分析了不同杀菌剂及生防菌对白菜根肿病的防控效果和土壤微生物的影响，以期为改进并探寻合适的根肿病防控方式提供参考依据。结果表明：氟啶胺、氰霜唑和生防菌处理均能有效抑制白菜根肿病的发生，并且显著提高了大白菜的单株产量，以氟啶胺和芽孢杆菌联合施用对白菜根肿病的防控效果最好，其相对防效为100.0%,单株产量提高了50.2%。杀菌剂及芽孢杆菌处理均降低了微生物多样性和丰富度，对真菌群落有较大的影响，对细菌群落影响较小，尤其是施用芽孢杆菌处理。各处理对根际土壤细菌和真菌优势菌群有重要影响，主要增加的细菌优势菌属Chujaibacter、Chitinophagaceae-uncultured、Bradyrhizobium的OTUs数量，降低了真菌优势菌属Aspergillus、Rhizopus、Arrhenia的OTUs数量。病情指数与白菜根肿病致病菌Plasmodiophora的相关系数较小，与Arrhenia呈显著正相关（0.586）。