【摘 要】
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利用离散傅里叶变换(Discrete Fourier Transformation,DFT)可以在不丢失信息的情况下揭示DNA序列隐藏信息的特性,通过挖掘DNA序列中子序列种类、含量和位置3种生物特征,将任
【机 构】
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广西大学 计算机与电子信息学院 广西高校并行分布式计算技术重点实验室,南宁,530004
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利用离散傅里叶变换(Discrete Fourier Transformation,DFT)可以在不丢失信息的情况下揭示DNA序列隐藏信息的特性,通过挖掘DNA序列中子序列种类、含量和位置3种生物特征,将任意长度的DNA序列提取成等长的特征向量,使用欧式距离计算DNA序列相似度,给出一种改进的应用于物种聚类的无需比对的DNA序列相似度计算算法AFCS DFT.实验结果表明:与已有的同类方法相比,AFCS DFT算法计算得到了更准确的DNA序列相似度,利用此相似度对物种聚类,可以更准确地构建出反映物种聚类特征的系统进化树,揭示了进化水平越相近的物种的DNA序列越相近的特性.
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