当代一些唯识学研究者对圆测唯识思想的论断有重大失误,如他们认为圆测的唯识学立场倾向于真谛。但据《解深密经疏》,圆测所宗为玄奘而非真谛。首先,在对二人之称呼上,对真谛,本疏有三种称呼:真谛三藏、真谛师、真谛;而对玄奘,本疏一概尊称为大唐三藏。此外,圆测虽将真谛称为真谛三藏,但全疏指责真谛翻译、解释错误与观点错误之文字,多达二十余处。指责之范围,从《解节经记》直至真谛翻译之世亲《摄大乘论释》、《三无性论》等。在翻译、解释错误方面,圆测多处指责"译家谬也","不可依也"。在观点错误方面,圆测对真谛的"九识论"、前七识属分别性(即遍计所执性)或相分属分别性、转依后遣依他起性等重要观点都作了否定。相反,对玄奘,本疏无一处指责,而是处处以《成唯识论》作为依据,以护法与玄奘之观点判别正误。