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利用RAPD技术对国内外47份西葫芦种质材料进行遗传多样性及亲缘关系分析。从520条随机引物中筛选出30条能产生稳定多态性的引物用于RAPD分析,共扩增出367条带,其中302条表现多态性,占总数的82.29%,表明西葫芦种质资源在分子水平上具有丰富的遗传多样性,与形态学研究结果一致。聚类分析将47份西葫芦种质材料分为两大类。在第Ⅰ类群中,可将32份种质分为4个亚类;第Ⅱ类群分成5个亚类。从生长习性来看,矮生与半蔓生的亲缘关系最近;从皮色来看,白色与绿色亲缘关系最近,亲缘关系最远的为白色与花皮。