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在分析我国高校文理科经费配置存在问题的基础上,构建了文理科经费配置合理性分析模型。运用主成分分析法计算两所样本高校文理科投入产出得分,对文理科经费配置合理性进行了验证。研究发现：文理科经费配置并不合理,文科绩效高于理科绩效,经费获得却低于理科。因此,我们必须采取一系列措施避免这种不合理性,使高校学科的发展归于科学、走向协调。