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集约饲养业出现了从一开始就应重视的环境污染。大量氨（ＮＨ３），甲烷（ＣＨ４）和氧化亚氮（Ｎ２Ｏ）的排放会影响全球气候和区域性土壤质量。ＣＨ４和Ｎ２Ｏ是农业活动中大量释放出的有效温室气体。由于土壤中的生物学和化学过程，氨会增加Ｎ２Ｏ的排放，使土壤酸化并影响敏感的自然生态系统中的植被。气候条件的改变可能严重影响到发展中国家的农业，在农业实践中应当重视如何对动物粪便加以处理，以减少ＮＨ３、ＣＨ３、Ｎ２Ｏ