【摘 要】
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目的评价16SrDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法对13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16SrDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载3
【机 构】
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温州医科大学检验医学院、检验医学教育部重点实验室,传染病预防控制国家重点实验室、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,南华大学
【基金项目】
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863课题(No.2014AA021404);国家科技重大专项(No.2013ZX10004221);公益性卫生行业专项(No.201302006)联合资助~~
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目的评价16SrDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法对13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16SrDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Corynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16SrDNA序列。对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树。结果在81条受试诺卡菌16SrDNA序列中,16SrDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离。诺卡菌16SrDNA种内及亚种内相似性为99.1%~100%;种间相似性在95.7%~98.8%之间。结论 16SrDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平。
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