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以我国31个省份的自主创新活动为考察对象,实证研究了2005年和2006年各省份自主创新资金使用的DEA效率及其变动。研究结果表明,大多数省份都呈现非DEA有效状态,但创新规模在不断递增;同时,要有效提高各省份自主创新资金使用的DEA效率,需根据我国东、中、西部地区的工业化与经济发展水平及其地域特征,优化配置R＆D经费投入结构,在实证研究的基础上提出了具有针对性的建议。