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摘要：目的 分析BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌组织基因表达和肿瘤微环境的变化情况。方法 从癌症基因组图谱数据库中获得甲状腺乳头状癌的转录组测序数据与BRAF基因的突变数据，用Perl语言合并数据，将其分为基因突变组与基因野生组;应用R软件筛选两组的差异表达基因，用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析差异表达基因功能、信号通路;用恶性肿瘤中基质细胞与免疫细胞评估软件分析并对两组间质细胞和炎症细胞实施评分处理，肿瘤免疫评估软件分析免疫细胞丰度。结果与结论 BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌组织基因表达和肿瘤微环境发生改变，其组织中免疫细胞水平升高。
关键词：甲状腺乳头状癌;鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B;基因突变;差异表达基因;肿瘤微环境;免疫细胞
【中图分类号】R246.5 【文献标识码】A 【文章编号】1673-9026（2021）01-003-01
甲状腺癌属于一种内分泌系统常见的恶性肿瘤疾病，患病率呈逐渐升高的趋势[1]。本研究深入探究基因的转录组测序大数据，分析BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌的分子改变，进一步阐明BRAF基因突变与基因表达、肿瘤微环境之间的关系[2]。
1材料与方法
1.1甲状腺乳头状癌患者队列的获取
甲状腺乳头状癌患者的转录组测序数据及其对应的BRAF基因突变数据均来自癌症基因组图谱中的甲状腺癌队列，平台内数据的均对外开放。全部数据通过Linkedomics下载。
1.2转录组差异表达基因的筛选
应用Perl语言对转录组测序数据与BRAF基因突变数据进行合并;依据BRAF基因是否有突变，把甲状腺乳头状癌标本分为基因突变组与基因野生组。通过应用R软件的limma包对转录组测序数据在基因突变组与基因野生组的差异表达进行分析，对其差异表达基因进行筛选。
1.3差异表达基因功能与信号通路的分析
用R软件分析包对差异表达基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。GO的内容包含分子功能、细胞成分、生物学过程等三个方面，对基因进行定位，对分子生物学功能及涉及的生物学过程进行分析。KEGG对基因所属的信号通路进行富集分析。
1.4肿瘤微环境分析
从恶性肿瘤中基质细胞和免疫细胞评估平台下载相关组织的ES?TIMATE评估阵矩。通过R软件的limma包， 对BRAF基因突变组与野生组中基质细胞和免疫细胞所占比例进行评分，分值越高代表该成分水平越高[3]。
1.5肿瘤组织中免疫细胞水平分析
从肿瘤免疫评估平台下载相关组织的免疫细胞评估阵矩。通过应用R软件的limma包，对两组不同类型免疫细胞的浸润水平进行评估，通过反卷积法从基因表达谱中计算肿瘤组织中B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞丰度。丰度值越高表示该细胞含量越高。
1.6统计学方法
采用R软件进行秩和检验。基因筛选标准为校正后P<0.05。
2结果
2.1基因突变组280例，基因野生组180例，差异表达基因1500个。BRAF基因突变组中PD?L1、PD?L2、CD80、CD86、CTLA4等基因表达上调。通过GO和KEGG分析显示，部分生物学过程、分子功能、信号通路与BRAF基因突变密切相关。
2.2基因突变组癌组织中的基质细胞、免疫细胞水平比基因野生组要高，组间结果比较，差异显著（P均<0.05）。和基因野生组进行对比，基因突变组肿瘤组织中B淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞丰度值高，P<0.05。两组肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞丰度值比较差异无统计学意义。
3小结
总之， BRAF基因突变型组织中PD?L1、PD?L2、CD80、CD86和CTLA4 等免疫抑制相关基因表达上调[4]。BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌组织中出现基质细胞、B淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、中性粒细胞等肿瘤微环境的改变。本研究为后续临床诊治提供准确的理论依据[5]。
参考文献：
[1]陈君君，郑洪.BRAF基因V600E突变在恶性肿瘤中作用的研究进展[J].山东医药，2019，59（6）：91?94.
[2]盧军峰，解乃昌，马艳红，等.甲状腺乳头状癌组织中BRAF基因突变及CyclinD1蛋白表达的临床意义[J].山东医药，2016，56（4）：36?37.
[3]赵宏彩，王旭红.甲状腺癌患者围术期的认知行为干预疗效[J].世界最新医学信息文摘，2019，v.19（70）：307-308.
[4]杨敬，严淑萍，龚艳萍，等.BRAF～（V600E）基因突变与中国甲状腺乳头状癌患者临床病理学特征间关系的Meta分析[J].华西医学，2016，v.31（03）：81-93.
[5]于波洋，马步云，周洁宏，等.甲状腺乳头状癌合并桥本氏甲状腺炎的BRAF基因表达及侵袭性[J].现代生物医学进展，2015，15（015）：2833-2835.
2017年省卫计委科研课题：BRAFV600E基因突变指导cN0甲状腺乳头状微小癌中央区淋巴结清扫的应用研究，课题编号2017070。
作者简介：王旭红（1972-），男，2004年在山西省肿瘤医院头颈外科工作，1997年毕业于新乡医学院，现任山西省肿瘤医院头颈科外科主任医师，第二作者赵宏彩为通讯作者，与第一作者为同一单位，现任山西省肿瘤医院头颈外科主任护师。
山西省肿瘤医院 山西太原 030000
关键词：甲状腺乳头状癌;鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B;基因突变;差异表达基因;肿瘤微环境;免疫细胞
【中图分类号】R246.5 【文献标识码】A 【文章编号】1673-9026（2021）01-003-01
甲状腺癌属于一种内分泌系统常见的恶性肿瘤疾病，患病率呈逐渐升高的趋势[1]。本研究深入探究基因的转录组测序大数据，分析BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌的分子改变，进一步阐明BRAF基因突变与基因表达、肿瘤微环境之间的关系[2]。
1材料与方法
1.1甲状腺乳头状癌患者队列的获取
甲状腺乳头状癌患者的转录组测序数据及其对应的BRAF基因突变数据均来自癌症基因组图谱中的甲状腺癌队列，平台内数据的均对外开放。全部数据通过Linkedomics下载。
1.2转录组差异表达基因的筛选
应用Perl语言对转录组测序数据与BRAF基因突变数据进行合并;依据BRAF基因是否有突变，把甲状腺乳头状癌标本分为基因突变组与基因野生组。通过应用R软件的limma包对转录组测序数据在基因突变组与基因野生组的差异表达进行分析，对其差异表达基因进行筛选。
1.3差异表达基因功能与信号通路的分析
用R软件分析包对差异表达基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。GO的内容包含分子功能、细胞成分、生物学过程等三个方面，对基因进行定位，对分子生物学功能及涉及的生物学过程进行分析。KEGG对基因所属的信号通路进行富集分析。
1.4肿瘤微环境分析
从恶性肿瘤中基质细胞和免疫细胞评估平台下载相关组织的ES?TIMATE评估阵矩。通过R软件的limma包， 对BRAF基因突变组与野生组中基质细胞和免疫细胞所占比例进行评分，分值越高代表该成分水平越高[3]。
1.5肿瘤组织中免疫细胞水平分析
从肿瘤免疫评估平台下载相关组织的免疫细胞评估阵矩。通过应用R软件的limma包，对两组不同类型免疫细胞的浸润水平进行评估，通过反卷积法从基因表达谱中计算肿瘤组织中B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞丰度。丰度值越高表示该细胞含量越高。
1.6统计学方法
采用R软件进行秩和检验。基因筛选标准为校正后P<0.05。
2结果
2.1基因突变组280例，基因野生组180例，差异表达基因1500个。BRAF基因突变组中PD?L1、PD?L2、CD80、CD86、CTLA4等基因表达上调。通过GO和KEGG分析显示，部分生物学过程、分子功能、信号通路与BRAF基因突变密切相关。
2.2基因突变组癌组织中的基质细胞、免疫细胞水平比基因野生组要高，组间结果比较，差异显著（P均<0.05）。和基因野生组进行对比，基因突变组肿瘤组织中B淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞丰度值高，P<0.05。两组肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞丰度值比较差异无统计学意义。
3小结
总之， BRAF基因突变型组织中PD?L1、PD?L2、CD80、CD86和CTLA4 等免疫抑制相关基因表达上调[4]。BRAF基因突变型甲状腺乳头状癌组织中出现基质细胞、B淋巴细胞、CD4+T淋巴细胞、中性粒细胞等肿瘤微环境的改变。本研究为后续临床诊治提供准确的理论依据[5]。
参考文献：
[1]陈君君，郑洪.BRAF基因V600E突变在恶性肿瘤中作用的研究进展[J].山东医药，2019，59（6）：91?94.
[2]盧军峰，解乃昌，马艳红，等.甲状腺乳头状癌组织中BRAF基因突变及CyclinD1蛋白表达的临床意义[J].山东医药，2016，56（4）：36?37.
[3]赵宏彩，王旭红.甲状腺癌患者围术期的认知行为干预疗效[J].世界最新医学信息文摘，2019，v.19（70）：307-308.
[4]杨敬，严淑萍，龚艳萍，等.BRAF～（V600E）基因突变与中国甲状腺乳头状癌患者临床病理学特征间关系的Meta分析[J].华西医学，2016，v.31（03）：81-93.
[5]于波洋，马步云，周洁宏，等.甲状腺乳头状癌合并桥本氏甲状腺炎的BRAF基因表达及侵袭性[J].现代生物医学进展，2015，15（015）：2833-2835.
2017年省卫计委科研课题：BRAFV600E基因突变指导cN0甲状腺乳头状微小癌中央区淋巴结清扫的应用研究，课题编号2017070。
作者简介：王旭红（1972-），男，2004年在山西省肿瘤医院头颈外科工作，1997年毕业于新乡医学院，现任山西省肿瘤医院头颈科外科主任医师，第二作者赵宏彩为通讯作者，与第一作者为同一单位，现任山西省肿瘤医院头颈外科主任护师。
山西省肿瘤医院 山西太原 030000