正常菌群就是指人体体表在与外界相连的腔道中存在的不同种类和数量的微生物。一般情况下，这些微生物不会对人体造成危害，甚至有的菌群会对人体起到一定的积极作用。各种正常菌群不仅能够和人体保持相对平衡的状态，同时不同种类的菌群间还可以起到相互制约的作用，以维持人体内部的相对平衡。处于这种状态时，正常菌群能够发挥出营养、免疫、拮抗等生理作用。
　　营养作用 正常菌群的存在影响着生物体的物质代谢与转化。如肠道中的正常菌群能够将没有消化掉的食物残渣分解掉，有利于机体的吸收，并且还能够合成多种维生素，如泛酸、叶酸、维生素B和维生素K等。
　　免疫作用 正常菌群能够产生各种抗原物质，激发机体的免疫系统，让免疫系统总是处于活跃状态，对于抗感染有着十分重要的作用。
　　拮抗作用 微生物之间互相抵制、排斥甚至互相残杀的斗争称为生物拮抗。寄居在人体皮肤和黏膜表面等特定位置的正常菌群，通过与黏膜上皮细胞紧密结合来占领位置（生物屏障），从而排斥外来菌；由于厌氧菌在其特定的生物环境内数量很大，在与外来菌的营养争夺中具有优势，从而限制了外来菌的生长繁殖；正常菌群在生长过程中会改变生物环境的pH值或释放抗生素、细菌素，在抑制外来菌方面至关重要。
　　下面我们就一起来了解一些人体不同部位的正常菌群分布。
　　1.皮肤：皮肤上面出现的细菌种类和数量往往与个人卫生还有周围环境有着直接的联系，最常见革兰氏阳性球菌，其中以表皮葡萄球菌为多见，有时还有金黄色葡萄球菌。外阴部与肛门部位可有非致病性抗酸性耻垢杆菌。
　　2.口腔：口腔的温度较为适宜，并含有一定的食物残渣，为微生物的生长提供了良好的条件。因此口腔当中有着多种微菌群，如乳酸杆菌、螺旋体、白色念球菌、棱形杆菌等。
　　3.胃肠道：胃酸具有一定的杀菌作用，通常来说健康人的胃只有少量能在酸性环境下生长的细菌，总称为胃内菌群，如链球菌、乳酸杆菌等。肠道的微生物生态系统很复杂，菌群生物量很庞大。在肠的不同部位，由于pH值、营养状况的不同，菌群的种类分布有很大的不同。多數的肠道菌群属共生类型，主要是厌氧菌，如双歧杆菌、尤杆菌、消化球菌等，数量恒定存在，具有合成维生素、蛋白质，生物拮抗等生理作用，起到保持宿主健康的作用。有一部分很少的致病菌在生理平衡状态是不会危害宿主的，但如果数量超出正常水平就会致病。还有一类是介于这两种类型之间的，如大肠杆菌、链球菌等，它们能产生毒素，具有生理作用和致病作用两方面。
　　4.呼吸道：咽部和鼻腔当中常会存在甲型链球菌、奈氏球菌、肺炎球菌、流感杆菌、乙型链球菌、葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、变形杆菌等。
　　5.眼结膜：有皮表葡萄球菌、结膜干燥杆菌、类白喉杆菌等。
　　6.泌尿道：一般情况下，细菌只会出现在泌尿道的外部，比如男性尿道口会有葡萄球菌和革兰氏阴性球菌及杆菌，生殖器会有耻垢杆菌；女性外阴部分和尿道外部的菌群相类似，除了有耻垢杆菌，还有类白喉杆菌、葡萄球菌以及大肠杆菌等。
　　7.阴道：女性阴道的生态系统常驻菌有乳杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌等。乳杆菌黏附在阴道黏膜上皮细胞上，可产生酸性生存环境，对大肠杆菌、类杆菌、金黄色葡萄球菌有拮抗作用，对于保护自身健康和胎儿在妊娠期的卫生有着重要的意义，是一道重要的生物屏障。
　　当然，人体大部分组织器官中都是没有细菌的，如果被细菌侵入并没有被尽早消灭，就可能会引发感染。因此在医疗实践过程中，如注射、穿刺、手术、导尿时，医护人员都必须做到无菌操作来防止患者被细菌感染。