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损害生殖健康最常见、最直接和最重要的原因是生殖系统遭受特异性病原微生物感染,也即罹患性传播疾病(STD).人体生殖系统的外生殖器官开口腔道部分,包括女性的外阴和阴道,男性的阴茎龟头包皮囊和尿道口,都存在着正常的微生物群落.这些微生物群落之间所保持的生态平衡有助于外生殖道抵御常见非特异性致病微生物的入侵,这对女性生殖健康尤为重要.