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落实科学发展观系统工程研究的是社会系统。构成社会系统的诸要素是物、过程、观念和人等基本要素。对社会系统基本要素的认识和理解对于落实科学发展观系统工程具有本体论和认识论意义。社会系统结构是由生产力、生产关系（经济基础）、上层建筑（意识形态）这三个层次的因素组成的。系统结构与系统性质的关系是我们在坚持基本制度的前提下对具体体制进行改革的科学根据之一。落实科学发展观系统工程涉及的社会系统是自组织系统，要实现其科学发展的功能，应该不断进行自我调节以优化自己的结构。