【摘 要】
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目的 通过生物信息学分析发现卵巢浆液性囊腺癌(OV)发生发展过程中的关键基因和信号通路.方法 从癌症基因组图谱和基因型组织表达数据库分别下载OV和正常卵巢芯片数据.利用limma包标准化处理并筛选差异表达基因.对差异表达基因进行基因本体论分析、京都基因和基因组百合全书通路分析和基因富集分析.使用STRING构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape进行可视化并筛选Hub基因.使用GEPIA2数据库查看Hub基因的表达和预后情况.结果 通过对原始数据的差异表达分析,共得到1 357个差异表达基因.差异表达
【机 构】
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甘肃省妇幼保健院妇产科,甘肃兰州730030;兰州大学第二医院肿瘤外科,甘肃兰州730030
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目的 通过生物信息学分析发现卵巢浆液性囊腺癌(OV)发生发展过程中的关键基因和信号通路.方法 从癌症基因组图谱和基因型组织表达数据库分别下载OV和正常卵巢芯片数据.利用limma包标准化处理并筛选差异表达基因.对差异表达基因进行基因本体论分析、京都基因和基因组百合全书通路分析和基因富集分析.使用STRING构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape进行可视化并筛选Hub基因.使用GEPIA2数据库查看Hub基因的表达和预后情况.结果 通过对原始数据的差异表达分析,共得到1 357个差异表达基因.差异表达基因主要位于细胞外基质,与丝氨酸型内肽酶活性等相关,主要富集通路为PI3K-Akt信号通路.共筛选出CCNB2、TOP2A和CDC20等15个Hub基因.通过GEPIA2数据库发现BIRC5表达和预后有意义.结论 Hub基因和信号通路可能在OV发病过程中发挥重要作用,其中BIRC5与患者预后关系密切,值得进一步研究.
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