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【目的】分析生态条件和种质因素对烤烟次生代谢产物含量的影响，为低危害烟叶生产提供理论依据。【方法】从贵州道真县、威宁县、盘县和天柱县采集K326、云烟87和贵烟1号3个烟草品种的C3F和B2F等级烟叶初烤样品，测定不同烟叶样本有机酸类、生物碱、多酚类、甾醇类物质等主要次生代谢产物含量，分析烤烟次生代谢产物含量的品种和地区差异性。【结果】同一地区3个品种（系）间的有机酸和生物碱含量差异不显著；道真县和盘县不同品种间烟叶多酚类物质含量、威宁县和盘县不同品种间烟叶甾醇类物质含量的差异均不显著；威宁县、天柱县不同