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运用分层随机抽样的方法选取样本，分析比较新农合对县乡两级定点医疗机构的动态影响。发现新农合政策提高了县乡两级医疗机构的业务量和收入，改善了员工待遇，但存在工作人员稳定性差，医疗费用增长过快尤其是次均住院费较高等问题。提出明确医疗机构的功能定位，摒除影响新农合运行的障碍，加强各方监督，改革支付方式等建议。