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1、建立中国蕨类植物分类新系统（1978）中科院植物所秦仁昌在当年《植物分类学报》第16卷发表《中国蕨类植物科属的系统排列和历史来源》一文，建立起中国蕨类植物分类新系统。在这篇文章中，他对当时世界蕨类植物分类学中存在的问题进行了评论，将中国蕨类植物分为5个亚门、63科、223属，其中23科是他本人或由他人代为发表的新科。这一成果在1993年获国家自然科学一等奖。