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采用PCR/DGGE技术和16SrDNA序列分析方法,对2种猪(普通猪、藏猪)肠道细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果表明,从DGGE图谱中均可以发现2种猪肠道细菌具有一定的相似性,种内个体间相似性明显高于种间相似性。同时进行了部分优势细菌16SrDNA基因V6~V8区序列的系统发育分析发现,DGGE图谱中优势条带的16SrDNA基因序列中有7条克隆的序列与基因库最相似菌的相似性大于97%,其余的克隆序列相似性在90%~96%,其中有1条序列被鉴定为与纤维素分解菌产琥珀酸厌氧螺菌相似。本试验分析结果可