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《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》将完善大学内部治理结构、完善中国特色现代大学制度作为一项重要任务提出了明确要求。二级学院作为高校人才培养、科学研究的具体组织实施单位，发挥着重要的办学主体作用，其运行机制是完善大学治理结构、构建现代大学制度的重要组成部分。本文在分析目前高校二级学院运行中存在共性问题的基础上，从二级学院职责权利、权力配置、决策机制、管理考核四个方面，提出了完善二级学院运行机制的具体措施。