【摘 要】
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药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收
【机 构】
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大连理工大学电信学院计算机科学与工程系; 大连理工大学工业装备结构分析国家重点实验室; 大连大学生物信息学与分子设计研究所 辽宁; 大连; 116023;
【基金项目】
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国家973项目(19990328);国家自然科学基金项目(10272030)
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药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。
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