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棉花分子标志研究起步较晚，但发展很快。迄今，其研究方法包括“经典”的ＲＦＬＰ、目前广为采用的ＲＡＰＤ及最新发展的ＡＦＬＰ等技术，减数分裂的原位杂交是棉花分子标记的特色，已形成较为定形的ＩＳＨ或ＦＩＳＨ技术，物种起源与演化是棉花分子标记研究的主要内容，同时在ＲＦＬＰ图谱方面取得明显进展，我国本领域工作仅仅开始，但某些方面有希望赶超世界先进水平。本文就上述状况和问题作了概要介绍和分析。