建立产学研协同创新机制，是实施创新驱动发展战略的关键环节之一，实质是通过利益驱动把产学研各方拧成一股绳。那么，怎样建立产学研协同创新机制？抑或说，靠什么把产学研拧成一股绳？
　　在市场经济条件下，企业是技术创新的主体，在实现产学研协同中起主导作用。这具体可通过委托—代理关系实现：企业作为委托方提出创新需求，学研机构作为代理方按照企业需求完成创新任务；企业吸收和应用创新成果，并根据其产业化价值给予学研机构相应报酬。根据协同程度不同，产学研合作有技术转让、合作研发、产学研战略联盟等模式。不同的合作模式需要不同的激励机制，具体包括以下几种。
　　显性契约。技术转让是产学研合作的一种重要模式。合作各方按照合同，通过文献、报告和专利等显性知识载体，实现创新成果转移。在这种模式下，技术创新价值易于测度和验证，企业可直接以技术创新价值为绩效指标设计显性契约，对学研机构进行激励。但由于学研机构完全按照契约内容进行创新，合作中隐性知识不易开发利用，这种模式有可能束缚创新活动的开展。
　　事后“讨价还价”。在产学研合作研发模式下存在两类创新活动，即可被事先测度的开发型创新活动和不可被事先规划的发现型创新活动，而后者往往是企业核心竞争力的真正来源。由于存在后一种创新活动，合作各方利益分配需要通过显性契约事后“讨价还价”来达成。合作各方对发现型创新活动的偏好、企业独立应用创新成果的能力等因素，决定他们讨价还价的能力。企业可依据自身需要，通过调整显性契约中开发型创新活动的激励强度，或对发现型创新活动提供固定报酬，并通过调整剩余索取权来控制学研机构的创新活动。
　　关系契约。随着各方合作程度和接触频率的上升，产学研机构由基于项目的临时组织逐渐演变成长期稳定的战略联盟，各方的信任度不断增强，这为关系契约的构建创造了条件。在关系契约中，企业承诺将发现型创新收益的一部分作为报酬返给学研机构；学研机构基于对企业的信任平衡两类创新活动；创新价值实现后，企业执行显性契约，并决定是否兑现关系契约。由于发现型创新成果难以预期，以它为绩效指标具有主观性和不可验证性，关系契约不能靠第三方强制实施，而要靠声誉或信任机制执行。只有持续合作的长期收益超过违约的短期收益，比如背弃关系契约就可能被迫退出战略联盟，关系契约才会被执行。
　　双重显性契约。为了提高创新成果价值的可测度性，可在战略联盟中引入一个应用型技术研发机构。这个应用型技术研发机构可以是企业内部的研发部门，可以是独立的中介组织，也可以是政府部门。企业分别与学研机构和这个应用型技术研发机构建立显性契约，在双重显性契约下，应用型技术研发机构搭建产学研创新平台，促进企业家和科研人员间的协同，使创新成果以最有利于企业应用的方式转移和共享，促进创新成果的学术价值与商业价值有机结合。