【摘 要】
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AP2/EREBP是植物特有的一类具有庞大家族的转录因子。该转录因子广泛参与调节植物生理功能和水杨酸、茉莉酸、脱落酸和乙烯等信号转导途径。本研究利用艾纳香的全长转录组数
【机 构】
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黑龙江八一农垦大学农学院; 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所农业部华南作物基因资源与种质创新重点开放实验室海南省艾纳香工程技术研究中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(31870317);海南省自然科学基金资助项目(817263);中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金资助项目(1630032018029)共同资助
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AP2/EREBP是植物特有的一类具有庞大家族的转录因子。该转录因子广泛参与调节植物生理功能和水杨酸、茉莉酸、脱落酸和乙烯等信号转导途径。本研究利用艾纳香的全长转录组数据,通过生物信息学的手段对艾纳香AP2/EREBP家族进行挖掘并分析,为从分子水平研究艾纳香代谢调控提供参考依据。利用DNAMAN、MEGA5.05软件以及Protparam、SOPMA在线网站,对艾纳香AP2/EREBP转录因子家族的类型、结构域、系统进化、蛋白理化性质和氨基酸序列高级结构等进行分析。结果表明从艾纳香转录组中挖掘到57个AP2/EREBP基因,通过查找开放阅读框筛选出18条能翻译成完整蛋白的序列;根据结构域的划分可分为DREB、ERF和AP2三个亚族;通过与拟南芥AP2/EREBP相关基因进行系统进化分析,结果表明艾纳香DREB和ERF亚族成员分别属于B2、B4、B5、B6和A6簇;生物信息学表明艾纳香AP2/EREBP转录因子家族蛋白富含酸性氨基酸,热稳定性较高且均为亲水性蛋白,全部蛋白都以无规则卷曲为主;每个亚家族的蛋白质三级结构差异不明显,但不同亚族之间有差异,主要表现在β-转角、β-折叠及无规则卷曲长度不同。本研究结果为进一步研究艾纳香AP2/EREBP基因功能提供参考。
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