居住于云南宁蒗县泸沽湖畔的摩梭人是中国大陆目前惟一的母系社会群体。在第一次民族识别中被定为纳西族,但是大部分摩梭人认为自己与纳西族有本质的区别,后来通过云南省人民代表大会决议,称之为“摩梭人’。将遗传学的方法引入摩梭人的族源研究,对摩梭人以及居住于云南的纳西族、藏族、白族、彝族和普米族6个群体线粒体DNA第一高变区、Y染色体上的13个SNP和8个STR位点进行了基因分型,结果显示摩梭人相对缺乏南方民族特异的Y染色体类型,而mtDNA具有南北双重特征。主成分分析和分子系统学分析进一步表明,摩梭人的父系遗传结构与云南藏族最接近,而母系遗传结构最接近丽江纳西族,提示其父系和母系基因库具有不同的来源。摩梭人特殊的母系杜会结构可能是导致其母系、父系遗传结构存在明显差异的原因之一。该结果为摩梭人的族源研究提供了遗传学方面的线索。