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蛋白质无序段在天然条件下无法折叠到特定的三维结构,具有高度的结构动态性。现有的对无序段从能量角度建模的方法缺少对无序段的空间约束。首先提取无序段的空间特征，并找到使预测过程趋于最低能量的最优特征值，最后将这些特征值作为约束应用到并行蚁群蛋白质结构预测算法。实验结果表明：该方法可以有效地利用无序段对蛋白质结构的连接作用，有助于搜索到更接近天然结构的折叠区域结构。