【摘 要】
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木聚糖是潜在的重要可再生能源,如何提高其降解效率已成为近年来的研究热点.β-木糖苷酶是木聚糖降解过程中的关键酶之一,按其水解机制可分为保留型与反转型酶.目前虽然对于
【机 构】
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复旦大学生命科学学院,上海生物制造技术协同创新中心
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木聚糖是潜在的重要可再生能源,如何提高其降解效率已成为近年来的研究热点.β-木糖苷酶是木聚糖降解过程中的关键酶之一,按其水解机制可分为保留型与反转型酶.目前虽然对于这两种催化机制的研究不断深入,但很少有工作从溶液环境的角度出发探究它们的差异.本文采用分子动力学模拟方法,对4个典型的β-木糖苷酶进行了显式溶剂模拟研究,详细分析了酶的催化氨基酸间的距离和质子供体氨基酸p Ka值的动态变化.结果显示,反转型酶催化氨基酸间的距离约为0.8-1.0 nm,大于保留型的0.5-0.6 nm,与先前对糖苷酶晶体结构的统
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