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据调查,南京老山国家森林公园共有种子植物94科291属477种,其中包括裸子植物2科2属2种,被子植物92科289属475种。该植物区系起源古老,单种科(属)和寡种科(属)构成植物区系的主体;泛热带和北温带分布在科、属水平均占有较大比重,具有明显的由北亚热带向暖温带过渡的特点。老山与栖霞山、牛首山和琅琊山的关系最为密切,与白石砬子的关系最远;区系间种的有无聚类结果更好地拟合了不同植物区系的地理位置、气候及土壤特征,是研究植物区系联系更科学的方法。