本文运用两阶段共同边界DEA模型,一方面将国家大学科技园创新过程分为招商引资阶段和经营阶段两个前后关联的阶段,另一方面在考虑技术差距的基础上,将中国国家大学科技园分为东部地区和中西部地区两个组群,并对这两个地区的国家大学科技园2009~2012年的创新效率进行实证分析。研究发现:中国国家大学科技园创新系统具有两阶段关联特征,招商引资阶段和经营阶段的低效率造成了大学科技园创新综合效率的低下,并且经营阶段效率的平均值要高于招商引资阶段。造成招商引资阶段和经营阶段综合效率无效的原因是招商引资阶段的投入冗余和经营阶段的产出不足。东部地区和中西部地区大学科技园具有不同的技术边界,并且呈现出东部地区创新效率高于中西部地区的格局。不同类型的科技园应对创新过程的各个子阶段进行监控,采取差异化的提升策略。