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针对基本功能流聚类算法计算复杂度高、聚类正确率较低的缺点,提出一种基于改进的果蝇算法与功能流算法相融合的聚类分析算法Flow-IFOA。通过引入果蝇因子,根据离最优解果蝇的距离自适应地调整每个果蝇个体的搜索步长,保证了算法的搜索精度和速度。将改进后的果蝇算法与功能流算法融合,在PPI网络数据库上的仿真结果表明,改进算法相比其他聚类算法得到了较好的聚类正确率和较快的收敛速度,是一种行之有效的方法。