【摘 要】
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引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一，当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和Indel标记的高通量引物设计软件（LightPrimer）。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列，进行片段化处理，然后将片段与基因组进行本地BLAST比对，通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段，然后对Tm值
【基金项目】
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粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室开放课题资助（2019lzj05）；
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引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一，当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和Indel标记的高通量引物设计软件（LightPrimer）。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列，进行片段化处理，然后将片段与基因组进行本地BLAST比对，通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段，然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选，得到候选引物列表，并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点，可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载（https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git）。
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